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自然科学史研究所设有中国古代科技史研究室、中国近现代科技史研究室、世界科技史研究室、科技史综合研究室，以及综合人事处、科研处、财务资产处、党群监审处、图书馆、期刊编辑部和综合实验室等管理支撑部门。综合人事处包括政务、党务、人事、教育、离退休、安保、信息、物业等部分；科研处包括科研、学术、网络等部分。

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中国科学院化学研究所的主要学科方向为高分子科学、物理化学、有机化学、分析化学、无机化学。多年来，化学所面向世界科技前沿，取得一批有重要影响的基础研究成果，原始创新能力不断提升；面向国家战略需求，取得多项关键核心技术突破，高技术创新与集成不断加强；面向国民经济主战场，形成一批自主知识产权，延伸创新价值链，技术示范和产业化不断推进。 积极开展化学与生命、材料、环境、能源等领域的交叉研究，在分子与纳米科学前沿、有机高分子材料、化学与生命科学交叉、能源与绿色化学等领域取得新的突破，建设和完善了面向国家重大战略需求的先进高分子材料基地。

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